Vit et travaille à Paris. Thomas Bauer est diplômé de l’École nationale d’arts de Paris-Cergy. 

Cinéaste et professeur, il travaille sur l’évolution de la notion d’interactivité des médias et sur leurs relations équivoques au témoignage. 

Suite à plusieurs séjours aux États-Unis qui débutent en 1998 par un programme de résidence élaboré par la Bemis Art Center, Thomas Bauer réalise trois films dont le documentaire René O (2005). En 2000, il est l’un des cofondateurs du projet Dieter, signature commune pour la réalisation d’un film documentaire finalement, l’univers est plat et des éditions d’art. 

Il intervient alors régulièrement dans différentes écoles des beaux-arts en France : Grenoble, Valence, Cergy-Pontoise, Toulouse ainsi qu’aux Arts Décoratifs à Paris. 

À partir de 2008, il réalise sous le titre générique Capitaine, par exemple, un film (les films d’Ici), une émission radiophonique (Atelier de création radiophonique, France Culture) et une micro architecture avec Laurent Charpin et Raphaëlle Perron. 

Parallèlement à ces réalisations cinématographiques, il travaille généralement au son ou au montage des projets de différents artistes comme Marcelline Delbecq, Valérie Jouve, François Nouguiès ou Alejandra Riera, tous concernés par la fabrication d’un cinéma autre. 

Depuis quelques années en collaboration avec Judith Abensour, ils créent la collection faux raccord actuellement accueillie aux éditions Post et ont produit et réalisé Parades, un film construit entre France, Israël et Palestine avec le soutien du programme Entr’Ecole de l’Institut Français. 

Son travail a été régulièrement programmé en France dans le cadre du Festival International de Cinéma (FID) à Marseille et à l’étranger en Allemagne, Espagne, Pologne, Thaïlande, Argentine.